Le choix de la longueur d'onde dépend:

1. du chromophore cible: ici la mélanine qui est présente dans la tige pilaire et le bulbe. Cette mélanine peut être de deux types: eumélanine (noir) et phaemélanine (jaune-rouge). La mélanine est aussi présente dans l'épiderme. La sélectivité de l'action du laser sera donc dépendante de la concentration en mélanine dans le poil par rapport à celle de l'épiderme. Un poil noir chez un patient de phototype 1-2 sera donc plus facile à traiter qu'un poil blond chez un patient de phototype élevé.
2. de la pénétration de la lumière en profondeur. Le poil pouvant être implanté profondément, il est souhaitable que la lumière laser puisse pénétrer jusqu'à plusieurs millimètres. Pour que la lumière pénètre dans la peau à la profondeur désirée, le rouge et proche infrarouge sont les plus appropriés. En dehors de ces longueurs d'onde, la teneur en eau de la peau absorbe la lumière incidente trop fortement.